常見的水果、蔬菜、糙米、菇類、藥食同源中藥等都可以做為微生物酵素發酵的原料。微生物酵素生產工藝的特點是：為了防止雜菌生長和產生酒精，可加入釀造米醋四比較高濃度的異麥芽糖蔗糖或紅糖等；發酵周期比較長，。般為幾個月至 2年等。也有采用二次發酵工藝，即經過后熟工藝 得到微生物酵素產品。產品形式有液狀、膏狀、粉狀四固體顆粒等。
生產流程：
選材 -> 清洗 -> 干燥 -> 裁切 -> 發酵 -> 鰲合 -> 品管控制 -> 填充包裝 -> 出倉
生產工藝：
水果酵素采用傳統工藝發酵，發酵過程分三個階段: 酵母菌發酵、醋酸菌發酵和乳酸菌發酵。
第。階段：酵母菌發酵——酵母菌發酵階段將大分子分解成小分子，把淀粉分解成二氧化碳和酒精，也叫糖化作用。
第二階段：醋酸菌發酵——醋酸菌發酵階段將酒精分解掉，這個階段也叫醋化作用。
第三階段：乳酸菌發酵——乳酸菌發酵階段乳酸在反応作用下產生益生菌，這個階段也叫熟成作用。